IL RISVEGLIO DEL CADUCEO DORMIENTE: la vera genesi dell'Homo sapiens

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LA NUOVA CONOSCENZA

sabato 19 gennaio 2019

I BATTERI CHE "IMPARANO" AD ADATTARSI NELLO SPAZIO



Stazione Spaziale Internazionale, “i batteri presenti hanno sviluppato geni diversi”

La ricerca è nata con l’obiettivo di comprendere come si comportano i batteri in ambienti chiusi, anche in vista della missione umana per Marte. Hanno imparato a sopravvivere in un ambiente estremo.

I batteri che vivono sulla Stazione Spaziale Internazionale non sono diventati degli alieni: hanno imparato a sopravvivere nello spazio senza acquisire caratteristiche pericolose per l’uomo. Lo indica la ricerca pubblicata sulla rivista mSystems dai ricercatori dell’americana Northwestern University, guidati da Erica Hartmann. Lo studio ha confrontato il Dna dei batteri isolati sulla Stazione spaziale con quello della loro controparte terrestre e ha scoperto che i batteri spaziali avevano sviluppato geni diversi rispetto alle loro controparti, ma quei geni non li hanno resi più dannosi per la salute umana. In particolare non li hanno trasformati in superbatteri pericolosi e resistenti agli antibiotici. Secondo i ricercatori, invece, i batteri stanno semplicemente rispondendo, e forse si stanno evolvendo, per sopravvivere in un ambiente stressante. In pratica quei geni li hanno aiutati a mangiare e a crescere in un ambiente difficile. La ricerca è nata con l’obiettivo di comprendere come si comportano i batteri in ambienti chiusi, anche in vista della missione umana per Marte. “Gli astronauti saranno in piccole capsule dove non possono aprire finestre, uscire o far circolare l’aria per lunghi periodi di tempo”, ha rilevato Hartmann. “Siamo sinceramente preoccupati – ha proseguito – di come questo possa influenzare i microrganismi”. Poiché la Stazione Spaziale ospita migliaia di microrganismi diversi, che sono arrivati trasportati sia dagli astronauti sia dai materiali, è il laboratorio ideale per condurre ricerche tese a scoprirlo. Il Centro nazionale americano per le informazioni sulle biotecnologie, a esempio, ha un database, liberamente accessibile al pubblico, contenente le analisi del Dna di molti batteri isolati sulla Stazione Spaziale. Così i ricercatori hanno usato questi dati per confrontare il Dna di due batteri, che sono stati isolati nello spazio con quelli che vivono sulla Terra: lo Staphylococcus aureus che vive sulla pelle umana e che ha un ceppo resistente agli antibiotici, e il Bacillus cereus, che vive nel suolo e ha meno implicazioni per la salute umana.

Da:


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" IL RISVEGLIO DEL CADUCEO DORMIENTE: LA VERA GENESI DELL'HOMO SAPIENS"
DI MARCO LA ROSA
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mercoledì 9 gennaio 2019

VACCINI: ANALISI SULLA QUALITA' DEI PRODOTTI IN COMMERCIO - INCHIESTA


SEGNALATO DAL DR. GIORGIO PATTERA (BIOLOGO)

State attenti a quei vaccini. C'è tutto, non quel che serve.

INTERVISTA DEL QUOTIDIANO "IL TEMPO" AL PROF. D'ANNA, PRESIDENTE DELL'ORDINE NAZIONALE DEI BIOLOGI ITALIANI.

Da:

Mesi di prove e controprove, poi la risposta dei controlli cofinanziati dall'ordine biologi. Manca la rosolia in quello che dovrebbe debellarla. Dna umano e diserbanti nell'altro.

Analisi choc su due lotti di vaccini

L’idea era nata durante la scorsa legislatura per i lavori della commissione parlamentare di inchiesta sull’uranio impoverito. Vero che i casi di malattia e morte di tanti nostri militari avevano relazione evidente con le condizioni di impiego sugli scenari delle missioni. Ma c'era anche un'altra condizione comune fra tutti quei casi: per essere inviati in Afghanistan piuttosto che in Libano o in Iraq e in tutti gli scenari delle missioni di pace, i nostri militari venivano sottoposti a una quantità impressionante di vaccinazioni. E a qualcuno - fra cui l'attuale presidente dell'ordine dei biologi (che allora era parlamentare) Vincenzo D'Anna era venuto un dubbio: non poteva essere anche in quelle vaccinazioni la causa dell'insorgenza di quei mali? Il dubbio dovrebbe essere la strada di indagine maestra per ogni uomo di scienza. In epoca di guerra di religione sulle vaccinazioni obbligatorie, anche quella semplice ipotesi da verificare sembrò scandalosa. Poco conta che D'Anna, come in genere tutti i biologi, non sia affatto un no vax. Anzi, era ed è convintissimo sulla utilità e l'efficacia dei vaccini. E in effetti l'indagine proposta non aveva caratteristiche ideologiche, ma lo scopo di escludere l'ipotesi ad esempio di una partita di vaccini non prodotta a regola d'arte. C'è voluto del bello e del buono per trovare qualcuno disposto ad effettuare quei controlli indipendenti sui vari lotti delle più comuni vaccinazioni. Ma alla fine qualcuno c'è stato. Ed alcuni laboratori indipendenti del Nord Est Italia per mesi e mesi hanno effettuato analisi e controanalisi di laboratorio, più volte ripetute su lotti diversi dello stesso vaccino quando insorgevano anomalie di qualsiasi tipo. In alcuni casi la prova scientifica ha dato l'esito che ci attenderebbe: vaccini prodotti a regola d'arte. In altri no. Per due di questi i risultati delle analisi biologico-genomiche (i cui referti sono in possesso de Il Tempo) sono stati clamorosi. E preoccupanti, perché i campioni prelevati da diversi lotti tutto sembravano meno che essere confezionati secondo le regole. In un caso, quello del vaccino da impiegare per morbillo, rosolia, parotite e varicella, si è rilevata la totale assenza degli antigeni del virus della rosolia. Quegli stessi lotti sarebbero quindi stati utilizzati per migliaia di vaccinazioni inutili, perché in assenza dell'antigene necessario chiunque sia stato vaccinato può prendersi la rosolia esattamente come non avesse mai visto un vaccino. Nel secondo referto di laboratorio analisi e contro analisi che riguardavano un vaccino multivalente per non contrarre fra l'altro difterite, tetano, pertosse ed epatite B, è stata rilevata la presenza di sostanze che non dovevano esserci (ad iniziare dal dna umano) e sia pure in dosi microscopiche potenzialmente dannose per la salute dell'uomo. Questi clamorosi risultati oltre ad essere pubblicati su riviste scientifiche internazionali, porteranno a un esposto che verrà presentato all'Agenzia italiana del Farmaco, alla sua madre europea Ema, ai nas dei carabinieri e alle competenti procure della Repubblica. Non essendo scienziati abbiamo chiesto quindi al presidente dell'ordine dei biologi, D'Anna, di spiegare in maniera comprensibile anche a tutti i consumatori il preoccupante risultato di quelle analisi.

Il Tempo- Lei è presidente dei biologi italiani. Devo farle la domanda di rito: sarà mica uno di quegli estremisti no vax?

D'Anna- Io? No, assolutamente. Come tutti i biologi credo nella utilità delle vaccinazioni, sono un pro-vax. E non è manco a tema l'utilità o meno dei vaccini in queste analisi di laboratorio. L'indagine è stata sulla qualità della realizzazione dei prodotti messi in commercio, non sull'efficacia o meno teorica del vaccino.

Il Tempo- E i risultati di queste analisi quali sono stati?

D'Anna- Hanno rilevato decine di impurità in più lotti. E al momento sono state individuate 43 sostanze improprie, nel senso che lì non si sarebbero dovute trovare.

Il Tempo- Improprie? Cioè?

D'Anna- Anticrittogamici, diserbanti, glisofato, antibiotici, antimalarici...

Il Tempo- La fermo. Non sono uno scienziato. Se mi dice diserbanti capisco che non dovrebbero esserci. Ma se mi cita gli antibiotici, le chiedo perchè: non devono esserci in un vaccino?

D'Anna- No, un antibiotico non deve stare in un vaccino. Un antimalarico neppure. Come un erbicida. Si è trovata alle analisi tutta una serie di inquinanti che lì non dovrebbero esserci..
Il Tempo-In quantità minuscole, spero...

D'Anna- Certo, parliamo di nanogrammi, di nanoparticelle. Ma tenga presente che non si tratta di sostanze ingerite, ma iniettate, assorbite e in alcuni casi (ad esempio l'alluminio) non smaltibili. Ma non è nostro compito accertare né la nocività, né la tossicità dei materiali. Però da quelle analisi è venuto fuori altro. Come l'assenza del virus della rosolia, che in sé potrebbe configurare una frode in commercio, perché migliaia di bambini che si sono vaccinati con quel lotto non sarebbero coperti verso la rosolia. E poi sono state rilevate quantità improprie di dna fetale...

Il Tempo- Dna fetale?

D'Anna- Sì, perché i virus vengono fatti replicare per fare le dosi occorrenti su materiale fetale da aborto, oppure su uova di galline. Ed è per quello che trovi i diserbanti o il glisofato, gli anticrittogamici e gli antiparassitari...

Il Tempo- Ma in un vaccino non dovrebbero esserci quelle tracce per quanto minuscole, no?
D'Anna- Certo che non devono esserci...

Il Tempo- E non c'è stato un esame pubblico di laboratorio su quelle dosi?

D'Anna- Lei l'ha visto? Ne conosce i risultati? Purtroppo c'è una aporìa giuridica: i test sul prodotto finito non sono obbligatori per il produttore. Li dovrebbero fare le strutture statali che proteggono la salute dei cittadini. Ma io non le ho mai viste. Anche perché qualsiasi risultato è tenuto segreto un po' come la ricetta della Coca Cola, per evitare che qualche concorrente copi la formula industriale di produzione del vaccino.

Il Tempo- Ma se nei laboratori di Stato fossero emersi i clamorosi risultati che stiamo citando, che cosa sarebbe accaduto?

D'Anna- Avrebbero dovuto chiamarsi il produttore dei vaccini e chiedere spiegazioni. Certo dovrebbero chiedere come fanno ad esserci gli anticorpi della rosolia se non c'è l'antigene? Per quanto riguarda il vaccino per tetano, difterite etc... non sono stati trovati quattro distinti tossoidi (che sono antigeni proteici) come dovrebbe essere, ma una sola macromolecola fatta da queste quattro proteine denaturate (quelle del tetano, difterite, etc...) dalla presenza di un conservante come la formaldeide. Questa macromolecola precipita al fondo della provetta e attaccata con tripsina non risponde...

Il Tempo- Qui seguirla diventa difficile. Vado al sodo: non dovrebbe accadere così in quei vaccini. Questo mi vuole dire?

D'Anna- Esatto. Dovrebbero esserci le quattro proteine dei vaccini previsti che se attaccate con tripsina dovrebbero sciogliersi. Questo non accade, e quindi nella macromolecola non ci sono solo proteine. Faremo un esposto all'Aifa e all'Ema per capire se sono a conoscenza di queste cose.

Il Tempo- Nei primi lotti di vaccini doveva esserci la rosolia e non c'è. E mi è chiara l'inutilità. Capisco meno le conseguenze della macromolecola in questi altri vaccini...

D'Anna- Primo: anche tutto fosse lecito ed innocuo al minimo bisognerebbe informarne le autorità ed i cittadini che usano i vaccini. Secondo: in questi vaccini è stato riscontrato un numero significativo di peptidi (cioè frammenti corti di sequenze di aminoacidi) di origine batterica, probabilmente provenienti da batteri avventizi che contaminano le colture. A questi si aggiungono 65 sostanze chimiche contaminanti, 35% note, (finora abbiamo replicato i risultati su un solo lotto, l’unico disponibile tramite le farmacie su tutto il territorio italiano da oltre un anno), di cui 7 sono tossine chimiche, anche questi composti devono essere confermati nella struttura da uno studio con standard di controllo.

Il Tempo- Quindi?

D'Anna- Quindi bisogna che le agenzie ripetano queste analisi, facciano i controlli e rendano pubblici sia i risultati che il loro giudizio. Noi faremo la nostra parte. Ad esempio il prossimo 25 gennaio a Roma dove abbiamo organizzato un grande convegno dal titolo «Vaccinare in sicurezza» con la partecipazione di scienziati italiani, tra i quali Giulio Tarro da poco insignito negli Usa del premio di miglior virologo, e stranieri. Le analisi fatte serviranno anche ad alimentare il dibattito scientifico.

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sabato 5 gennaio 2019

LE NUOVE FRONTIERE PER LA RICERCA DELLA VITA "ALIENA" ...ANCHE SULLA TERRA


        La posizione degli emimastigoti nell'albero della vita. (Lucy Reading-Ikkanda/Quanta Magazine


Un nuovo regno per l'albero della vita

Segnalato dal Dott. Giuseppe Cotellessa (ENEA)

La collocazione degli emimastigoti nel dominio degli eucarioti è sempre stato oggetto di polemiche. Una recente analisi del loro DNA mostra che si tratta di un nuovo supergruppo che si è separato da tutte le altre forme di vita eucariota oltre un miliardo di anni fa.

Uno strano microrganismo chiamato emimastigote non è un animale, né una pianta e nemmeno un fungo o un protozoo. Scoperto di recente, appartiene a un "supergruppo" della vita tutto suo e lascia presagire che le nuove tecnologie di sequenziamento ci mostreranno un'incredibile biodiversità ancora tutta da esplorare.

Micrografia di un particolare di Hemimastix kukwesjijk, l'emimastigote appena descritto. (Cortesia Yana Eglit)

L’albero della vita ha appena acquisito un altro ramo importante. Di recente, in un campione di suolo della Nuova Scozia, una provincia del Canada affacciata sull’Oceano Atlantico, alcuni ricercatori hanno trovato un singolare microrganismo, raro e misterioso, chiamato emimastigote (o hemimastigotes o anche emimastigofori). L’analisi del suo DNA ha rivelato che non si tratta né di un animale, né di una pianta o un fungo, e neppure di un qualsiasi tipo noto di protozoo; di fatto non rientra in alcuna delle grandi categorie note della classificazione delle forme di vita complesse (eucarioti). Questa bizzarria naturale dotata di flagelli è invece il primo membro di un proprio gruppo, un “super-gruppo”, che probabilmente si è staccato dagli altri grandi rami della vita almeno un miliardo di anni fa. “È il tipo di risultato che si spera di vedere una volta nella propria carriera”, ha detto Alastair Simpson, microbiologo alla Dalhousie University di Halifax, in Nuova Scozia, che ha effettuato lo studio. La scoperta degli emimastigoti è di per sè impressionante, ma quel che più conta è che si tratta solo dell’ultima (e più significativa) di un numero crescente di importanti aggiunte tassonomiche all’albero della vita. I ricercatori continuano a scoprire non solo nuove specie o classi, ma anche nuovi regni, e questo solleva interrogativi sulle ragioni per cui sono rimasti nascosti per così tanto tempo e su quanto siamo vicini a trovarli tutti. Yana Eglit è una specializzanda della Dalhousie University che si è dedicata alla scoperta dei nuovi lignaggi degli eucarioti unicellulari detti protisti. Un freddo giorno di primavera 2016, mentre camminava in una località della Nuova Scozia con alcuni amici, è rimasta indietro per raschiare qualche grammo di sporco in un tubo di plastica. Tornata in laboratorio, ha immerso il suo campione in acqua, e il mese successivo ha iniziato a controllare periodicamente il microscopio per rilevare eventuali segni di vita insolita. Una sera, qualcosa di strano nel campione ha attirato la sua attenzione. Una cellula allungata da cui s’irradiavano flagelli a forma di frusta “stava nuotando goffamente, come se non si rendesse conto che tutti quei flagelli avrebbero potuto aiutarla a muoversi”, ricorda Eglit. Aumentando l’ingrandimento, ha visto che corrispondeva alla descrizione di un emimastigote, un raro tipo di protista notoriamente difficile da tenere in coltura. La mattina seguente, il laboratorio era in fermento per l’opportunità di descrivere e sequenziare l’esemplare. “Abbiamo lasciato perdere tutto il resto”, ricorda. Gli emimastigoti sono uno dei pochi lignaggi di protisti “notoriamente sconosciuti”, gruppi di cui si ha una descrizione solo parziale, la cui posizione sull’albero della vita non è ben definita perché è difficile tenerli in coltura e, quindi, sequenziarne il genoma. Gli esperti di protisti hanno usato le peculiarità della struttura degli emimastigoti per ipotizzarne le parentele evolutive, ma le loro ipotesi erano state “impallinate” dai critici, come dice Simpson, ovunque le avessero filogeneticamente collocate. In assenza di dati molecolari, i lignaggi di organismi come gli emimastigoti erano rimasti privi di un’ascendenza conosciuta.  
Ma un nuovo metodo, la trascrittomica unicellulare, ha rivoluzionato questi studi. Esso consente ai ricercatori di sequenziare un gran numero di geni da una singola cellula. Gordon Lax, un altro specializzando nel laboratorio Simpson ed esperto di questo metodo, spiega che per gli organismi difficili da studiare come gli emimastigoti, la trascrittomica monocellulare può produrre fornire dati genetici di una qualità che prima era riservata a organismi per i quali si poteva disporre di molte cellule, rendendo finalmente possibili confronti genomici più accurati. Il gruppo ha sequenziato più di 300 geni e Laura Eme, ora ricercatrice post-dottorato all’Università di Uppsala, in Svezia, ha sviluppato un modello di come si sono evoluti questi geni per poi stabilire la classificazione degli emimastigoti. “Ci aspettavamo che rientrassero in uno dei supergruppi esistenti”, ha spiegato. I membri del laboratorio sono stati invece sorpresi nello scoprire che gli emimastigoti non si adattano ad alcuna parte dell’albero della vita. Essi rappresentano un lignaggio distinto dalla mezza dozzina di supergruppi noti. Per capire quanto sia evolutivamente distinto il lignaggio degli emimastigoti, immaginate l’albero degli eucarioti dispiegato davanti a voi come un insieme di stretti sentieri, che a partire da punti in cui si trovano tutti i diversi gruppi viventi di eucarioti convergono, in lontananza, verso un antenato comune. Partendo dal punto in cui ci troviamo noi mammiferi, percorriamo il sentiero e torniamo indietro nella storia, oltre il bivio in cui il nostro lignaggio si è separato da quello dei rettili e degli uccelli, oltre i punti di deviazione che portano ai pesci, alle stelle marine e agli insetti, e poi ancora più lontano, oltre il bivio che ci separa dai funghi. Se ci giriamo a guardare indietro, tutti i diversi organismi superati rientrano in uno solo dei sei supergruppi di eucarioti. Gli emimastigoti sono ancora più in là, in un supergruppo a sé stante, su un sentiero che non è stato percorso da alcun altro organismo. Fabien Burki, biologo dell’Università di Uppsala, che non è stato coinvolto in questo studio, si è detto felice del risultato, ma non del tutto sorpreso. “È un po’ come cercare la vita su altri pianeti”, ha osservato. “Quando finalmente la troveremo, non credo che saremo molto sorpresi, ma sarà una scoperta enorme”. Burki, Simpson, Eglit e molti altri pensano anche che ci sia molto altro da scoprire a proposito dell’albero della vita, in gran parte a causa della velocità con cui sta cambiando. “L’albero della vita viene rimodellato da nuovi dati. È davvero molto diverso anche da quello che era 15 o 20 anni fa”, ha detto Burki. “Stiamo vedendo un albero con molti più rami di quanto pensassimo”. Trovare un lignaggio così distinto come gli emimastigoti è ancora relativamente raro, ma se si scende di un livello o due della gerarchia, fino al semplice livello del regno - quello che comprende, per esempio, tutti gli animali - si scopre che spuntano nuovi grandi lignaggi al ritmo di uno all’anno. “Questo tasso non sta rallentando, e anzi potrebbe accelerare”, ha detto Simpson. La disponibilità di tecnologie di sequenziamento più potenti, come la trascrittomica a cellula singola, concorre a questa tendenza per gli eucarioti, soprattutto per gruppi “notoriamente sconosciuti”, permettendo ai ricercatori di ricavare DNA utilizzabile pure da singoli campioni. Ma Eme avverte che questi metodi richiedono ancora l’occhio attento degli esperti, come Eglit, “in modo da poter osservare proprio ciò che vogliamo guardare”. Un altro tipo di sequenziamento, chiamato metagenomica, potrebbe accelerare ulteriormente le scoperte. I ricercatori possono ora avventurarsi sul campo, prelevare un campione di sporco sul loro cammino o un biofilm da una fumarola nera in alto mare, e sequenziare tutto ciò che c’è nel campione. Il problema è che di solito si trova solo un frammento di un gene. Per batteri e archea (Archaea) - organismi in altri due domini della vita distinti da quello degli eucarioti - questo è di solito sufficiente: la metagenomica è stata alla base di recenti scoperte enormi, come quella degli Asgard archaea, un vastissimo phylum di archea sconosciuto alla scienza fino a circa tre anni fa.  
Ma per gli eucarioti, che tendono ad avere genomi più grandi e complessi, la metagenomica costituisce un metodo fastidiosamente problematico per studiare un campione. Rivela molti tipi di organismi che vivono in un ambiente, “ma a meno che non si abbia una sequenza di riferimento più ampia e conosciuta, è molto difficile inserire tutte queste cose diverse in un quadro evolutivo”, ha detto Burki. Ecco perché, secondo Simpson, la maggior parte delle linee eucariotiche recenti, molto profonde, sono state scoperte alla “vecchia maniera”, attraverso l’identificazione di un bizzarro protista in laboratorio e il suo sequenziamento. “Ma i due metodi sono complementari e danno informazioni l’uno all’altro”, ha detto Simpson. Per esempio, è ormai chiaro che gli emimastigoti erano presenti in banche date metagneomiche già pubblicate. Eppure “non avevamo modo di riconoscerli finché non abbiamo avuto a disposizione sequenze di emimastigote più lunghe con cui confrontarli”, ha detto. La metagenomica può indicare potenziali “punti caldi” di diversità sconosciuta, e una sequenziamento più approfondito può rendere i dati metagenomici più significativi. Il futuro è luminoso per i ricercatori che catalogano le diversità, sia in ambienti ordinari che straordinari. Gli strumenti metagenomici ci permettono di esplorare ambienti estremi - come i sedimenti vicino alle fumarole idrotermali dove sono stati trovati gli Asgard archea - i ricercatori però possono trovare nuovi lignaggi anche nei loro cortili. “Questo nuovo lignaggio è stato scoperto da una specializzanda durante un’escursione durante cui ha raccolto un po’ di sporcizia”, ha detto Burki. “Immaginate se potessimo analizzare ogni ambiente della Terra”. Mentre gli scienziati continuano a riempire l’albero, gli algoritmi usati per aggiungere rami diventeranno più efficienti, secondo Eme. Questo aiuterà i ricercatori a definire con maggiore risoluzione le divaricazioni più profonde e antiche nella storia della vita. “La nostra comprensione di come si è dispiegata la vita è ancora molto incompleta”, ha detto Burki. Domande relative al perché sono emersi gli eucarioti o come si è evoluta la fotosintesi rimangono senza risposta poiché “non abbiamo un albero abbastanza stabile e definito per individuare dove sono avvenuti questi eventi chiave”, ha detto Burki. Oltre a rispondere a queste domande fondamentali, la semplice gioia della scoperta motiva ricercatori come Burki e Eglit. “Il mondo dei microrganismi è una frontiera aperta”, ha detto Eglit. “È emozionante esplorare ciò che c’è là fuori”.

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